Współczesna XIII-wieczna świątynia stoi na miejscu jeszcze starszego kościoła. Według Kadłubka kościół św. Jakuba został ufundowany przed 1211 rokiem przez piastowską księżniczkę Adelajdę Kazimierzównę, córkę Kazimierza II Sprawiedliwego, księcia krakowskiego. Fundatorka po swojej śmierci 8 grudnia 1211 została w nim pochowana.
Obecnie pogląd ten jest negowany i coraz częściej uważa się, że wspomniana Adelajda Kazimierzówna to żyjąca prawie 100 lat później córka Kazimierza I Kujawskiego. Badania z lat 90. XX wieku wskazują, że pierwotna świątynia mogła być jeszcze starsza niż wspomniana w kadłubkowej kronice.
Obecnie dominikański kościół należy do rzymskokatolickiej parafii Nawrócenia św. Pawła i ma status kościoła rektoralnego.. Kościół ma trzy dni odpustowe (25 lipca – św. Jakuba, 17 sierpnia – św. Jacka, 7 października – Matki Bożej Różańcowej). Główne uroczystości kościelne związane są też ze świętem 2 czerwca – Męczenników Sandomierskich.