Położenie Klasztor leży na wzniesieniu, które nazywane jest Wzgórzem Świętojakubowym (Jakubowym) lub Wzgórzem Staromiejskim, w niedalekiej odległości znajdują się Wzgórze Pawłowe (od kościoła pw. Nawrócenia św. Pawła), Wzgórze Salve Regina oraz Wąwóz Świętej Królowej Jadwigi. Pierwotnie to wokół Wzgórza skupiało się życie miasta i tam też było jego historyczne centrum. W sąsiedztwie klasztoru, na miejscu obecnego Domu Księży Emerytów Diecezji Sandomierskiej znajdowało się rozległe cmentarzysko (znane z przynajmniej kilku przypadków pochówków antywampirycznych)Ł. M. Stanaszek, Praktyki antywampiryczne w XI wieku stosowane na terenie cmentarzyska szkieletowego na Wzgórzu Świętojakubskim w Sandomierzu, „Biuletyn Antropologiczny”, t. II, 1998, s. 18–31 (dostępne także na: swietyjakub.republika.pl).. Przez Wzgórza Staromiejskie przebiegał jeden z głównych szlaków handlowych Polski w stronę Zawichostu i na Ruś oraz w drugim kierunku, na Koprzywnicę, Klimontów i Kraków. Współczesne odzwierciedlenie tych szlaków to Małopolska Droga św. Jakuba.