Kościół zachował się w obecnej formie mimo licznych wojen (najazdy mongolskie, najazdy litewskie, potop szwedzki, wojny polsko-rosyjskie, wojna północna, powstanie styczniowe, I wojna światowa, kiedy to Sandomierz był miastem granicznym Rosji z Austro-Węgrami, II wojna światowa, kiedy to w 1944 roku linia frontu przebiegała na Wiśle). Kilka razy ocierał się o ruinę, ale dzięki staraniom dominikanów, a później władz Sandomierza, nie podzielił losu najstarszych kościołów św. Jana, św. Mikołaja, św. Marii Magdaleny, św. Piotra, które nie przetrwały do naszych czasów i w XIX wieku zostały rozebrane. Większość kościołów w wiekach późniejszych przechodziła zmianę wyglądu i stąd nabierała cech różnych epok, tak sandomierski kościół jakubowy dzięki re-romanizacji z początku XX wieku pozostaje w surowej, ascetycznej oprawie średniowiecza. Niemniej w świątyni znajdują się pojedyncze przykłady sztuki renesansowej, barokowej (rokokowej), secesyjnej.