Pierwszy gruntowny remont świątynia przeszła w 1399 roku po finansowym wsparciu królowej Jadwigi Andegaweńskiej, która często odwiedzała ten kościół. Na początku XIV w. dobudowano do zachodniej ściany świątyni wczesnogotycką dzwonnicę, murowaną z cegły, w układzie polskim, w której znajdują się dzwony z 1314 oraz 1389. Na początku XVII wieku dodano barokowe elementy (szczególnie w kaplicach bocznych – Męczenników Sandomierskich, św. Walentego – obecnie kaplica Matki Bożej Różańcowej). W charakterystycznym długim prezbiterium (które musiało pomieścić wszystkich braci zakonnych) znajduje się sarkofag fundatorki – księżnej Adelajdy. Wykonany został w 1676 roku z jednego kloca drzewa dębowego, w środku znajduje się mosiężna trumienka ze szczątkami księżnej. Fundacji trumienki dokonał ks. Melchior Buliński. W ściany naw wmurowano epitafia – najstarsza Jana Ostroroga z 1427 roku z herbem Nałęcz i gotyckim, łacińskim napisem, Rafała Granowskiego w rycerskiej zbroi.