Pełne zrozumienie i jasność historii tego kościoła zmącone są brakiem pisanych źródeł historycznych, błędami Kroniki Wincentego Kadłubka (choćby niemożność fundacji kościoła zakonowi, który nie istniał w momencie śmierci fundatorki) oraz licznymi najazdami tatarskimi i litewskimi (grabieże, pożary, wymordowanie ludności – zanik pamięci zbiorowej i tradycji ustnej, wielki pożar z 2. połowy XIII wieku, popadnięcie kościoła w ruinę po usunięciu dominikanów). Bezsprzecznym faktem pozostaje jedynie stwierdzenie, że chrześcijański kościół na Wzgórzu Staromiejskim istniał na długo przed powstaniem ceglanej świątyni, którą można dziś oglądać.
Obecna świątynia thumb|150px|Portal kościoła św. Jakuba Sugerowana kolejność powstania obecnej świątyni podzielona jest na trzy etapyZa: J. Gałkowski, Kościół i klasztor dominikański pw. św. Jakuba w Sandomierzu na tle architektury europejskiej w połowie XIII wieku, „Zeszyty sandomierskie” 13, r. VII, 2001, s. 27–30 (dostępne także na: swietyjakub.republika.pl).: 1226 (1227)–1236 budowa prezbiterium i zakrystii, po 1236, a przed 1253 – korpus nawowy, uzupełnienia u schyłku XIII wieku.