28 sierpnia 2012 roku Bojan został piłkarzem Milanu. Został wypożyczony z Romy na sezon 2012/2013. Gra w Milanie różnie się dla Bojana układała, zdecydowanie więcej spotkań rozegrał w pierwszej części sezonu. Występował na wszystkich pozycjach ataku, najwięcej korzyści drużynie dawał grając za napastnikiem. W barwach Milanu zadebiutował 1 września w meczu z Bologną. Pierwszą bramkę dla Milanu strzelił 3 listopada, rywalem było Chievo. Po zakończeniu sezonu żaden z klubów nie zdecydował się wykupić Bojana.
Latem 2013 roku Bojan powrócił do Barcelony, która od razu wypożyczyła go na rok do holenderskiego Ajaksu.
22 lipca oficjalna strona klubu Stoke City podała, iż Bojan Krkić został ich zawodnikiem. 29 stycznia 2017 r. zawodnik został wypożyczony do FSV Mainz. 30 czerwca powrócił do Stoke. 31 sierpnia ponownie udał się na wypożyczenie, tym razem do Deportivo Alavés. 30 czerwca 2018 wrócił do Stoke City. 7 sierpnia 2019 przeniósł się do Montreal Impact.
W 2021 roku został zawodnikiem Vissel Kobe. Z drużyną pożegnał się pod koniec 2022 roku. Klub postanowił nie przedłużyć kontraktu z Bojanem, który przez większość sezonu leczył kontuzję kolana.
23 marca 2023 podczas konferencji w sali na stadionie Camp Nou Bojan Krkić poinformował, że zakończył karierę piłkarską.