Kariera reprezentacyjna Bojan grał w juniorskich reprezentacjach Hiszpanii. Dopóki piłkarz nie rozegrał meczu w reprezentacji seniorów tego kraju, wciąż mógł zostać zawodnikiem Serbii.
Został najlepszym strzelcem Mistrzostw Europy do lat 17 w 2006 roku odbywających się w Luksemburgu. Będąc o rok młodszym od kolegów z zespołu i rywali, w czterech spośród pięciu spotkań zagrał tylko 45 minut. Mimo to strzelił najwięcej bramek spośród wszystkich zawodników, a jego drużyna zajęła trzecie miejsce. W spotkaniu z reprezentacją gospodarzy Krkić strzelił hat-tricka (48`,69`,76`), a kolejne gole zdobył w meczach z Węgrami (k. 76`) i z Niemcami (53`).
Młody napastnik doprowadził Hiszpanię do zwycięstwa w Mistrzostwach Europy do lat 17 w 2007 roku, które odbyły się w Belgii strzelając gola w półfinale z gospodarzom i jedynego gola finału przeciwko Anglii.
Powołaniu Bojana na Mistrzostwa Świata do lat 17 w Korei Południowej towarzyszyły kontrowersje. Działacze FC Barcelona chcieli, aby zawodnik był do dyspozycji klubu podczas Asian Tour, czemu sprzeciwiła się hiszpańska federacja piłkarska.