W 1861 na święto Objawienia został ochrzczony w imię Rafała, a niedużo później, wiosną zaś tego roku, rodzina mogła wrócić do Damaszku. Mimo że w 1874 dziecko ze świetnym wynikiem zakończyło szkołę podstawową, stało się jasne, że Michał Chawawini nie mógł dłużej pozwolić sobie na naukę syna. Na szczęście, pomoc przyszła przez diakona Atanazego Atollaha (późniejszego metropolity Chomskiego), który poczynił starania przed patriarchą Antiochijskim Hieroteuszem o przyjęciu Rafała w charakterze studenta na pasterskie kursy przygotowawcze przy patriarchacie. Był on na tyle dobrym studentem, że w 1877 został wybrany na posadę zastępcy wykładowcy. W następującym roku został wyznaczony na nauczyciela języka arabskiego i tureckiego. 28 marca 1879 patriarcha Hieroteusz dokonał na nim postrzyżyn mniszych, i Rafał stał się subdiakonem Jego Eminencji.
Od 1840 seminarium duchowne w Balamand było zamknięte, toteż patriarcha Konstantynopola Joachim III zaproponował patriarsze Antiochijskiemu przysłać choćby jednego godnego studenta dla nauki w Teologicznej szkole w Chalki z wypłatą stypendium i św. Rafał był akurat tym, który został wybrany.