8 grudnia 1885 dokonano chirotonii świętego w godność diakona w świątyni przy szkole. W czerwcu 1886 młody diakon otrzymał dyplom specjalizacji w teologii i wrócił do swego kraju rodzinnego, z nadzieją służenia tam dla dobra Cerkwi. HierodiakonMnich ze święceniami diakońskimi Rafał zrobił dobre wrażenie na patriarsze Antiocheńskim Gerasymie i dlatego on często zabierał go podczas swoich podróży pasterskich po parafiach. Gdy patriarcha nie mógł być obecnym, słowem Bożym karmił ludzi hierodiakon Rafał. Lecz nie był on zadowolony z głębokości swojej wiedzy, dlatego pragnął dowiedzieć się możliwie więcej. Nie było to efektem jego osobistej dumy czy ambicji, lecz wynikało z chęci przynoszenia pożytku innym. Słowa króla Salomona pasują do osoby św. Rafała: Ucz mądrego, a stanie się mędrszy, oświeć mądrego, a zwiększy swą wiedzę (Prz 9,9). Dlatego poprosił o błogosławieństwo patriarchy Gerasyma, by mógł rozpocząć studia doktoranckie w teologicznej szkole w Rosji, obiecując wrócić i służyć patriarchatowi jako sekretarz ze znajomością języka rosyjskiego. Patriarcha dał swoje błogosławieństwo, i hierodiakon Rafał został przyjęty do Kijowskiej duchowej akademii.