W 1890 patriarcha Gerasym wyznaczył młodego hierodiakona na naczelnika przedstawicielstwa Kościoła Antiochijskiego w Moskwie. Na prośbę patriarchy został on z rąk biskupa Sylwestra wyświęcony w stan duchownyJest to przywilej biskupa, który jako zarządca diecezji (poza przełożonym klasztoru) może wymusić na mnichu przyjęcie święceń oraz otrzymał stanowisko rektora Akademii. Po upływie miesiąca został podniesiony do godności archimandryty przez metropolitę moskiewskiego Joannicjusza i zajął miejsce proboszcza cerkwi przedstawicielstwa (ambasady) Antiochii w Moskwie. W ciągu dwóch lat archimandrycie Rafałowi udało się zmniejszyć dług ambasady z 65 tys. rubli do 15 tys. rubli. Również to on zorganizował przyjazd do Rosji 24 syryjskich studentów na dokończenie nauki, w nadziei, że wrócą do Syrii, by uczyć innych.
Wkrótce jako misjonarz wyjechał do Ameryki, gdzie kierował Syryjską Misją Prawosławną, głównie organizując parafie dla prawosławnych Arabów. Podniesiono go do godności archimandryty, a w 1904 – biskupa. Został tym samym pierwszym prawosławnym biskupem konsekrowanym na ziemi amerykańskiej.