Skandal finansowy W lipcu 1982 roku Marcinkus został uwikłany w finansowy skandal związany z bankructwem . Marcinkus jako dyrektor Ambrosiano Overseas, z siedzibą w Nassau na wyspach Bahama, współpracował przez wiele lat z Roberto Calvim, szefem Banco Ambrosiano. 18 czerwca 1982 roku znaleziono Calviego powieszonego pod mostem Blackfriars Bridge w Londynie. Tego samego dnia sekretarka Calviego Graziella Corrocher w Mediolanie zginęła, wypadając z okna. Innym ważnym współpracownikiem Marcinkusa był Michele Sindona, członek Propaganda Due Nr. 501, który zmarł otruty w 1985 roku w więzieniu. Czasowo Marcinkus nie mógł opuścić Watykanu, gdyż był poszukiwany listem gończym. Watykan ofiarom skandalu bankowego zapłacił 241 000 000 dolarów, jednakże nigdy nie przyznano się do winy.
W 1989 roku arcybiskup Marcinkus ustąpił ze stanowiska prezesa Banku Watykańskiego, kiedy Watykan powierzył sprawowanie zarządu osobom świeckim.
Przed odejściem na emeryturę Paul Marcinkus wrócił w 1990 roku do archidiecezji w Chicago, gdzie żył jako ksiądz w parafii. Mieszkał w Phoenix w Arizonie. Pracował w parafii kościoła św.