W XVI w. istniał tu zbór braci polskichCzesław Tadeusz Zwolski, Ponidzie. Busko Zdrój Jędrzejów Kazimierza Wielka Pińczów Staszów. Przewodnik turystyczny, Warszawa 1971, s. 29.. W 1595 roku miasto położone w powiecie lelowskim województwa krakowskiego było własnością Macieja SzczepanowskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 111..
6 czerwca 1794 pod Szczekocinami (na polach wsi Wywła) rozegrała się jedna z największych bitew insurekcji kościuszkowskiej. Dowodzone przez Tadeusza Kościuszkę wojska polskie zostały pokonane przez połączone siły rosyjsko-pruskie. W bitwie pod Szczekocinami zginęli generałowie Józef Wodzicki i Jan Grochowski, a śmiertelnie ranny został chłop, bohater spod Racławic, Bartosz Głowacki.
W 1815 r. wyniku postanowień kongresu wiedeńskiego Szczekociny znalazły się w zaborze rosyjskim.
W XIX wieku Szczekociny należały do Łubieńskich, Czackich, Halpertów. Na terenie miasta dominował drobny handel, tkactwo, szewstwo. Założono tu niewielką fabrykę płótna i destylarnie.
W latach 1919-1922 będąc wsią Szczekociny były siedzią gminy Szczekociny.