W następnych stuleciach był wielokrotnie przebudowywany i zmieniano również cel jego użyteczności.
Po zniszczeniu elbląskiego zamku król Kazimierz IV Jagiellończyk przekazał szpital na własność miastu Elbląg.
Od lat 60. XVI w., po przejęciu przez ewangelików, także i narodowości polskiej, nazywany był "kościołem polskim".
W XVII w. zespół został rozbudowany o niezachowane do dziś piętrowe, szachulcowe budynki mieszkalne, dom szafarza, małą dzwonnicę i remizę strażacką.
W latach 1717–1772 były krzyżacki szpital pełnił funkcję kościoła garnizonowego wojsk polskich. W latach 1783–1808 służył jako kościół garnizonowy dla stacjonującego w mieście pruskiego batalionu piechoty. Od marca 1807 do lutego 1808 mieściły się tam piekarnia i magazyn mąki, utworzone przez Francuzów przebywających w Elblągu w czasie trwania wojny francusko-pruskiej. Od 1856 włączony do ewangelickiej parafii kościoła Najświętszej Marii Panny.
W 1910 do szpitala nadal należały tereny w mieście i poza nim o łącznej powierzchni , posiadał również aktywa o łącznej wartości 571 125 ówczesnych marek. W latach 1927–1928 jego pensjonariuszami było 28 starców obojga płci.