Grał tam przez pełne 3 sezony i miał zapewnione miejsce w pierwszej jedenastce i między innymi swoją dobrą postawą zapewnił drużynie utrzymanie w Alpha Ethniki w sezonie 2005/2006.
Latem 2006 Beqaj trafił na Cypr i jest bramkarzem Anorthosisu Famagusta, a o miejsce w składzie walczy z reprezentantem Peru, Francisco Bazanem Landi, ale w sezonie 2006/2007 to Albańczyk był tym pierwszym goalkeeperem i wywalczył z zespołem Puchar Cypru. Z kolei w 2008 roku został z Anorthosisem mistrzem kraju oraz awansował do Ligi Mistrzów.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 Partizani Tirana Albania Kategoria Superiore 2 0 1995/96 Partizani Tirana Albania Kategoria Superiore 18 0 1996/97 Partizani Tirana Albania Kategoria Superiore 17 0 1997/98 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 4 0 1998/99 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 32 0 1999/00 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 27 0 2000/01 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 28 1 2001/02 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 20 0 2002/03 OFI Kreta Grecja Alpha Ethniki 18 0 2003/04 AO Ionikos Grecja Alpha Ethniki 28 0 2004/05 AO Ionikos Grecja Alpha Ethniki 27 0 2005/06 AO Ionikos Grecja Alpha Ethniki 28 0 2006/07 Anorthosis Famagusta Cypr Division A 26 0 2007/08 Anorthosis Famagusta Cypr Division A 27 0 2008/09