Bardziej dosłowna nazwa w momencie zakładania Olsztyna była już zajęta przez zbudowany wcześniej zamek nad dolną Łyną, późniejsze miasto Alembork.
Polska nazwa Olsztyn jest spolszczeniem pierwotnej nazwy niemieckiej i była używana już w średniowieczu, prawdopodobnie przez podobieństwo do Olsztyna koło Częstochowy. Już w XV wieku Jan Długosz notuje polskie odpowiedniki nazwy – Holsten i Olsten. Pod koniec XV wieku występują formy Olsthin i Olstin, a od XVII wieku w dokumentach powszechna staje się nazwa Olsztyn.
Spis geograficzno-topograficzny miejscowości leżących w Prusach z 1835 roku, którego autorem jest J.E. Muller notuje obecnie używaną, polską nazwę miejscowości Olsztyn oraz niemiecką .
Herb, barwy i hymn
thumb|Najstarsza pieczęć większa Olsztyna Herbem Olsztyna jest postać świętego Jakuba Większego Apostoła w białych szatach na niebieskim polu. Święty trzyma laskę i muszlę pielgrzymią, tradycyjne atrybuty szlaku Camino de Santiago. Święty Jakub jest patronem kościoła parafialnego i znajdował się na pieczęci większej miasta już w średniowieczu.
Miasto od początku używało też herbu kapituły warmińskiej, który przedstawiał bramę miejską i półkrzyż. Do 1960 roku używano herbu w formie łączącej oba te herby. Herb w obecnym kształcie został zatwierdzony w 1982 roku.