Oprócz niego w zespole znalazł się też jego brat Jordan Knight, Danny Wood oraz Joey McIntyre, który dołączył nieco później. Maurice Starr był oczarowany głosem Knighta, ale nie potrafił przełamać wrodzonej nieśmiałości Jonathana, który zadowolił się śpiewaniem chórków.
Przez cały czas istnienia zespołu, czyli od 1984 do 1994, Jonathan walczył z nasilającymi się atakami paniki i pogłębiającą depresją. Jak sam przyznał kilka lat później, przyczyną był stres spowodowany ogromną popularnością zespołu. W 1993 roku, tuż po nagraniu ostatniego albumu Face The Music, Jonathan odszedł z zespołu i zaszył się na farmie. Grupa ruszyła w trasę bez niego, ale już w czerwcu 1994 roku na jednym z koncertów w Massachusetts jego brat Jordan ogłosił rozpad zespołu.
Prawda o przyczynie odejścia Jonathana z zespołu pozostawała nieznana aż do 2001 roku. Wówczas wraz z bratem został zaproszony do programu Oprah Winfrey Show. Odcinek był poświęcony zaburzeniom lękowym. Podczas całego nagrania Jonathan walczył z atakiem paniki, ale wytrwał do końca. Wówczas ujawnił, że w 1993 roku z powodu stresu i depresji popadł w załamanie nerwowe i postanowił odejść.