Franciszek Ferdynand swoją przyszłą żonę poznał jesienią 1894 roku, gdy dowodził praskim garnizonem, na jednym z lokalnych przyjęć. Był zauroczony jej prostotą zestawioną z szykiem i wyrafinowaniem bogatszych arystokratek. Zofia von Chotek była kobietą urodziwą i inteligentną, zatem przeciwieństwem do innych kobiet, z którymi planowano go wyswatać. Początkowo ich związek był potajemny z uwagi na różnice klasowe (członek rodziny cesarskiej i zubożała szlachcianka), jednak latem 1898 roku przypadkiem o związku dowiedziała się ciotka Franciszka Ferdynanda, arcyksiężna Izabela, pani na zamku w Halbturn. Ta z kolei, mając za złe, że następca tronu nie chce pojąć za żonę którejś z jej córek, doniosła o romansie cesarzowi Franciszkowi Józefowi.
Monarcha usiłował odwieść bratanka od pomysłu ożenku, ale spotkał się ze zdecydowanym sprzeciwem. Arcyksiążę nie zdecydował się na zrezygnowanie z praw do tronu, ale nie chciał także opuścić ukochanej kobiety. Ostatecznie Franciszek Józef zgodził się na ślub (uległ m.in.