Choroba Franciszek Ferdynand i cesarz Franciszek Józef nigdy nie pałali do siebie sympatią. Po śmierci arcyksięcia Rudolfa stał się drugim człowiekiem w kolejce do korony (po swoim ojcu), a następnie pierwszym, ale nigdy oficjalnie nie otrzymał tytułu następcy tronu. Po śmierci ojca przez pewien czas cesarz, namawiany przez Agenora Gołuchowskiego młodszego i polityków węgierskich, dopuszczał myśl o przejściu sukcesji na młodszego brata Ottona, skandalistę i pijakaWinder, s. 276.. Franciszek Ferdynand został odsunięty na dalszy plan, co zmieniło się dopiero po jego powrocie do zdrowia (cierpiał na gruźlicę).
Choroba przeszkodziła mu w szybkim ożenku, podobnie jak niechęć do kandydatek „równych pochodzeniem”, które uważał za mało atrakcyjne pod względem urody i intelektu. Planowano go wyswatać z Heleną orleańską, córką hrabiego Paryża, Heleną Romanow i Marią Krystyną von Habsburg-Teschen.