W następnych latach uczestniczył w walkach na frontach wojen napoleońskich w Niderlandach (1792-1794) i Niemczech (1796-1797). W 1794 roku został mianowany generałem majorem (niem. Generalmajor). Był oceniany jako najzdolniejszy przeciwnik Napoleona. W roku 1799 uczestniczył w walkach na terenie Włoch, m.in. w bitwie nad Trebbią i w obronie twierdzy Cuneo (bitwa pod Novi). Pod koniec roku został awansowany na Feldmarschalleutnanta. W 1800 powrócił na front w Austrii, gdzie wsławił się m.in. podczas bitwy pod Hohenlinden. W następnym roku został odznaczony najwyższej klasy orderem wojskowym w Austrii, czyli Krzyżem Wielkim Orderu Wojskowego Marii Teresy.
24 marca 1805 roku w wieku 45 lat zmarł Alojzy I, nie pozostawiając męskiego potomka, w związku z czym władzę w Domu Książęcym i samym Liechtensteinie przejął książę Jan Józef, jako Jan I. Zostanie głową rodziny oraz pogarszające się zdrowie nie przeszkodziły księciu w udziale w bitwie pod Austerlitz. W tym czasie sprawdził się także w roli dyplomaty, mianowicie w nocy z 2 na 3 grudnia 1805 roku udał się do kwatery głównej Napoleona aby zaaranżować spotkanie z cesarzem austriackim Franciszkiem II. Odegrał również kluczową rolę w samych negocjacjach dwóch cesarzy i przyczynił się do podpisania pokoju w Preszburgu.