Za te działania został odznaczony przez imperatora Orderem Złotego Runa. W 1806 roku został komendantem głównym miasta Wiednia, a w 1808 dowódcą generalnym w Dolnej Austrii. Jego kariera wojskowa osiągnęła punkt kulminacyjny podczas wojny austriacko-francuskiej w 1809. Wziął udział w zwycięskiej bitwie pod Aspern i w bitwie pod Wagram. 12 września 1809 roku przejął władzę w randze marszałka polowego nad całą armią austriacką. Po nieudanych negocjacjach, które doprowadziły do podpisania pokoju w Schönbrunnie, relację księcia z cesarzem się pogorszyły. To wraz z coraz słabszym zdrowiem przyczyniło się do zakończenia kariery wojskowej Jana Liechtensteina w 1810 roku.
W 1806 roku Księstwo Liechtensteinu zostało wcielone przez Napoleona do Związku Reńskiego. Działania te miały na celu sprowadzenie utalentowanego generała na swoją stronę. Jan I przyjął taki przebieg wydarzeń, ale nie podpisał aktu Konfederacji Reńskiej, formalnie także nie rezygnując z propozycji. Władza cesarska w Wiedniu z niepokojem obserwowała wydarzenia wokół księstwa. W trudnej sytuacji aby udowodnić lojalność wobec Habsburgów przekazał formalnie władzę w Księstwie swojemu trzyletniemu wówczas synowi Karolowi Janowi, utrzymując de facto rządy, ale i gwarantując państwu suwerenność.