W 1984 instytut otrzymał Nagrodę specjalną im. Ludwika Waryńskiego (wspólnie z Wydawnictwem MON) za książkę "Marszałek Polski Michał Żymierski" (Wydawnictwo MON)Wręczenienie nagród im. Ludwika Waryńskiego, "Trybuna Ludu", nr 178, 26 lipca 1984, s. 2..
Lata 1990–2001 W latach 90. grupa historyków WIH wraz z przedstawicielami Centralnego Archiwum Wojskowego utworzyła tzw. Wojskową Komisję Archiwalną, która przeprowadziła poszukiwania w archiwach rosyjskich, litewskich i białoruskich. Wynikiem tej szeroko zakrojonej działalności było sprowadzenie do Polski kopii dokumentów zagrabionych przez Armię Czerwoną i NKWD z Archiwum Wojskowego oraz dokumentacji dotyczącej losów polskich oficerów i ich rodzin, aresztowanych lub internowanych przez władze radzieckie. Działalność WKA miała olbrzymie znaczenie dla dokumentowania zbrodni stalinowskich popełnionych na polskich obywatelach, w tym także zbrodni katyńskiej.