Dokumentacja przywieziona przez członków komisji do dziś jest wykorzystywana przez wszystkie instytucje w Polsce zajmujące się losami polskich obywateli na wschodzie i ściganiem zbrodni komunistycznych, między innymi przez Instytut Pamięci Narodowej, Fundacja Ośrodka KARTA i Radę Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa.
Wojskowy Instytut Historyczny 4 lutego 1997 na mocy zarządzenia Ministra Obrony Narodowej przestał być samodzielną placówką naukową i został włączony na prawach wydziału w strukturę Akademii Obrony Narodowej. Wiązało się to również z likwidacją Wojskowego Przeglądu Historycznego i Studiów i Materiałów do Historii Wojskowości. Restrukturyzacja Instytutu zapoczątkowała jednak nową formę działalności WIH AON – prowadzenie zaocznych studiów wyższych (licencjackich i magisterskich) oraz studiów podyplomowych w zakresie historii. W latach 1997–2001 ukończyło je kilkaset osób, głównie z resortu obrony i spraw wewnętrznych.
Nieformalne wpływy w WIH zachował gen. Wojciech Jaruzelski, co pozwoliło mu blokować niekorzystne dla siebie publikacje oraz kontrolować wolność badań naukowychSławomir Cenckiewicz, Generał bez skazy?