We wrześniu 2006 roku w miejscu, w którym miało powstać Muzeum POLIN, naprzeciwko pomnika Bohaterów Getta, stanęła instalacja artystyczna „Namiot” (nazywana także ohelem). Instalacja, wybrana w drodze konkursu spośród 29 prac, stworzona przez warszawską grupę projektową Centrala, pełniła funkcję punktu informacyjnego o powstającym Muzeum, miejsca wystaw plenerowych oraz innych wydarzeń artystycznych.
26 czerwca 2007 roku prezydent Lech Kaczyński, minister kultury Kazimierz Michał Ujazdowski, prezydent Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz, przewodniczący Stowarzyszenia ŻIH Marian Turski oraz pierwszy darczyńca Wiktor Markowicz z USA (któremu towarzyszyli Zygmunt Rolat i Tad Taube) podpisali akt erekcyjny pod budowę Muzeum. Sygnatariuszami tego dokumentu byli także przedstawiciele komitetów z wielu krajów wspierających budowę instytucji, w tym przewodniczący Polskiego Komitetu Wspierania Budowy Muzeum Marcin Święcicki oraz przewodniczący organizacji żydowskich z Polski.
Generalnym wykonawcą budynku została spółka Polimex-Mostostal, a inwestorem zastępczym – Stołeczny Zarząd Rozbudowy Miasta.