Umowa z generalnym wykonawcą została podpisana 17 czerwca, a uroczysta inauguracja budowy odbyła się 30 czerwca 2009 roku.
Pozwolenie na użytkowanie poziomu -2 Muzeum, na którym znajduje się wystawa stała, uzyskano 13 grudnia 2013 roku.
Budżet projektu Łączny koszt budowy gmachu, wyposażenia i stworzenia wystawy stałej Muzeum wyniósł ok. 320 milionów złotych.
Stowarzyszenie Żydowski Instytut Historyczny, dzięki wsparciu ponad 500 darczyńców z całego świata, w ciągu 15 lat przekazało 140 milionów złotych, przede wszystkim na zaprojektowanie i wykonanie wystawy stałej. Kolejne 20 milionów złotych SŻIH przeznaczyło na działalność Muzeum. Po 90 milionów złotych przekazały: miasto stołeczne Warszawa oraz Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Aby wesprzeć rozwój Muzeum w lipcu 2005 roku Rada Ministrów ustanowiła program wieloletni na lata 2006–2009 pod nazwą „Budowa Muzeum Historii Żydów Polskich”, który we wrześniu 2009 roku został przedłużony na kolejne trzy lata. Ze środków publicznych finansowana jest także bieżąca działalność placówki.