Po powrocie do Columbia Presbyterian Hospital otrzymała posadę dyrektora Instytutu Anestezjologii. Ze względu na niski prestiż anestezjologii i niższe wynagrodzenia w tej specjalizacji, Apgar nie zdołała pozyskać lekarzy na wakujące etaty, wobec czego w 1938 r. zaczęła kształcić studentów na podstawie napisanego z pielęgniarką Anne Penland podręcznika Notes on Anaesthesia i do 1949 r. samodzielnie ukończyła organizować Instytut Anestezjologii. W latach 1949–1959 była profesorem anestezjologii w College of Physicians and Surgeons, dzięki czemu została pierwszą na Columbia University of New York kobietą na pełnym etacie profesorskim.
W reakcji na wysoką śmiertelność noworodków, do której przyczyniał się brak ujednoliconej procedury oceny żywotności dziecka, w 1949 opracowała zestaw parametrów, które anestezjolog miałby obowiązek monitorować podczas zabiegu chirurgicznego (skalę Apgar), używany do oceniania stanu noworodków. Po raz pierwszy zaprezentowała go w 1952 r., a opublikowała rok później, zaś w 1954 r. została ona wprowadzona w Europie.