W następnych latach Apgar kontynuowała badania, m.in. nad kwasicą u noworodków. W 1958 roku wzięła urlop, podczas którego pogłębiała wiedzę ze statystyki, a w następnym roku uzyskała dyplom w zakresie zdrowia publicznego na Uniwersytecie Johnsa Hopkinsa. Przyjęła także stanowisko dyrektora nowo założonego oddziału wad wrodzonych w National Foundation for Infantile Paralysis, a od 1967 do 1972 r. pełniła funkcję dyrektora ds. badań podstawowych, zaś od 1973 r. wiceprezydenta ds. medycznych. Przy pomocy publicystki Joan Beck wydała w 1973 r. książkę Is My Baby All Right?, która stanowiła kompendium wiedzy o poczęciu, ciąży i porodzie, która stała się bestsellerem. Była jedną z pierwszych osób, które dostrzegły znaczenie genetyki dla nauk medycznych i w 1973 r. została wykładowcą genetyki medycznej w Johns Hopkins School of Public Health. Autorka ponad 60 artykułów naukowych.
W wolnym czasie zajmowała się grą w golfa, łowieniem ryb, kolekcjonowaniem znaczków pocztowych, pilotażem, grą na skrzypcach i ogrodnictwem. W tej ostatniej dziedzinie jej osiągnięciem było wyhodowanie orchidei, którą nazwano jej nazwiskiem.
Zmarła 7 sierpnia 1974 r. w Columbia Presbyterian Medical Center w wyniku postępującej choroby wątroby. Nie miała męża ani dzieci.