Stojković jako działacz Prezes Jugosłowiańskiej Federacji Piłkarskiej W 2001 roku po zakończeniu kariery piłkarskiej Stojković objął urząd prezesa Jugosłowiańskiej Federacji Piłkarskiej zastępując na tym stanowisku Miljana Miljanicia. Jednak pomimo dużego poparcia ze strony kibiców, jego czteroletnie rządy nad jugosłowiańskim futbolem zostały zapamiętane głównie z powodu jednych z najgorszych wyników reprezentacji w historii, zwłaszcza po porażce 1:2 z Azerbejdżanem w eliminacjach do Euro 2004.
Stojković na stanowisku selekcjonera kadry zatrudnił dawnego kolegę z kadry, Dejana Savićevicia, który nie miał żadnego doświadczenia trenerskiego. Latem 2003 po wspomnianej porażce z Azerbejdżanem odszedł Savićević, a po nieudanych rozmowach z Borą Milutinoviciem Stojković zatrudnił Iliję Petkovicia.
Prezes Crvenej zvezdy W lipcu 2005 roku Stojković został prezydentem klubu FK Crvena zvezda, zastępując Dragana Džajicia, który rządził stołecznym klubem przez poprzednie 20 lat.