U selekcjonera Ivicy Osima był liderem zespołu, najpierw zagrał w 3 meczach grupowych, następnie w 1/8 finału z Hiszpanią zdobył oba gole dla Jugosłowian, którzy wygrali 2:1, a następnie w ćwierćfinale nie wykorzystał rzutu karnego w serii rzutów karnych (trafił w poprzeczkę) i Jugosławia odpadła z turnieju.
W 1998 roku już po rozpadzie Jugosławii Stojković wystąpił na Mistrzostwach Świata we Francji. W drużynie Slobodana Santrača był podstawowym zawodnikiem i wystąpił we wszystkich 3 meczach grupowych, a w jednym z nich, z RFN (2:2), zdobył jednego z goli. Z Jugosławią odpadł w 1/8 finału po porażce 1:2 z Holandią (57 minut Dragana i żółta kartka).
W 2000 roku Stojković zaliczył swój ostatni międzynarodowy turniej w karierze, Euro 2000. Na boiskach Belgii i Holandii zagrał we wszystkich grupowych meczach, a także ćwierćfinałowym, przegranym aż 1:6 z Holandią. Swój ostatni mecz w kadrze „Pixy” rozegrał 4 lipca 2001, a Jugosławia przegrała 0:1 z Japonią. Ogółem przez 17 lat rozegrał w reprezentacji 84 mecze i strzelił 15 bramek.