Zagroziła również stworzeniem własnego rządu. Obserwatorzy stwierdzili, że wybory były chaotyczne i łatwe do sfałszowana. W 1994 z powodu fałszerstw wybuchły zamieszki i demonstracje, które sparaliżowały kraj i doprowadziły na krawędź wojny domowej. Bongo zgodził się wziąć udział w specjalnie zwołanej konferencji z przedstawicielami opozycji. We wrześniu 1994 zawarto kompromis, tzw. Porozumienie Paryskie, na mocy którego w Gabonie powstał rząd koalicyjny, działający do wyborów parlamentarnych w 1996.
Wybory parlamentarne w 1996 wygrała Gabońska Partia Demokratyczna, jednak rok później opozycja uzyskała zwycięstwo w kilku dużych miastach (w tym w Libreville) w czasie wyborów lokalnych. W drugiej połowie lat 90. Bongo uważany był już za jednego z najbogatszych ludzi na świecie. W 1997 jego majątek znalazł się w centrum zainteresowania opinii społecznej po tym, jak według raportu Senatu Stanów Zjednoczonych jego wydatki miały wynosić 55 mln funtów rocznie, dwa lata później wyliczono, że Bongo posiadał 130 mln USD na prywatnym koncie bankowym. Pieniądze te mogły pochodzić z funduszy państwowych. W 1998 Bongo ogłosił swój udział w kolejnych wyborach prezydenckich. Podziały na opozycji ułatwiły mu zwycięstwo i zdobycie prawie 67% głosów. Drugi z wynikiem 16,5% był Pierre Mamboundou z Unii Ludności Gabońskiej.