Opozycja oskarżyła prezydenta o fałszerstwa wyborcze. W grudniu 2001 Gabońska Partia Demokratyczna ponownie wygrała wybory parlamentarne po tym, jak główna partia opozycyjna, z obawy przed oszustwami, zbojkotowała głosowanie. Zagraniczni obserwatorzy skrytykowali sposób przeprowadzenia wyborów. Zaznaczyli, że pojawiły się problemy z organizacją głosowania. Po wyborach prezydent zaprosił największą partię opozycyjną księdza Paula M’by Abessole’a do koalicji rządowej. W marcu 2003 odżył na nowo konflikt z Gwineą Równikową po tym, jak rząd wysłał na wyspę gabońskie oddziały paramilitarne.

W październiku 2005 Bongo zdecydował się na start w kolejnych wyborach. Taktyka wyborcza prezydenta polegała na szerokim rozdawnictwie pieniędzy i obietnicach socjalnych. Zjawisko to, nazwane „frankiem wyborczym” polegało na przekazywaniu środków finansowych partiom, grupom społecznym i pojedynczym osobom, które wspierały lub zobowiązywały się wspierać urzędującego prezydenta. Przed samym głosowaniem Bongo ogłosił zwolnienie wszystkich obywateli z opłaty rachunków za wodę i elektryczność za miesiąc listopad. Rząd z obawy przed zamieszkami zamknął uniwersytet i wprowadził całkowity zakaz manifestacji. Według oficjalnych wyników zdobył 79,2% głosów. Po wyborach doszło do kolejnych w historii kraju starć służb bezpieczeństwa i opozycjonistów.