Wszystkie gminy i skupiska karaimskie, nawet te powstałe już po 1500 roku, utrzymywały kontakty religijne, kulturalne i rodzinne ze swoimi pierwotnymi społecznościami na Krymie. W pierwszym okresie osiedlania Karaimi mieszkali tylko w kilku miastach na terenie Rusi Czerwonej, Wołynia i Litwy (Halicz, Łuck, Troki). W XVII wieku do skupisk tych doszły także nowe karaimskie społeczności w takich miastach, jak Kukizów, Deraźne, Ołyka, Birże, Nowe Miasto, Poniewież, Poswol, Sałaty i Szaty.
Podobnie jak miasta chrześcijańskie i gminy żydowskie, również i Karaimi posiadali w Rzeczypospolitej własny samorząd. Kierowany był on przez starszych, wybieranych przez członków danej społeczności. W gminie karaimskiej zatrudniano szkolnika (zarządzał między innymi miejscowym domem modlitwy), gabbaja (skarbnika) oraz hazzana (pełnił funkcje religijne oraz sądowe). Wyjątkowy kształt miał karaimski samorząd w Trokach, w którym miejscowa społeczność już od średniowiecza wybierała własnego wójta, zatwierdzanego później przez wojewodę. Z czasem władza karaimskiego wójta rozszerzyła się na terytorium całej Litwy i zaczął być on wybierany przez przedstawicieli wszystkich tamtejszych gmin karaimskich.