Litewskich Karaimów rozsławił w opisywanym okresie Izaak z Trok, żyjący w latach 1533–1594.

Swoje kienesy Karaimi wznieśli w omawianym czasie w Trokach, Łucku, Haliczu, Kukizowie, Birżach i Nowym Mieście. Wszystkie zostały zbudowane z drewna. Obok kienes zakładano zwykle również cmentarze (najstarszymi z nich były cmentarz w Trokach oraz na przedmieściach Lwowa, oba pochodzące z końca XV wieku). Z okresu dawnej Rzeczypospolitej zachowały się jedynie cmentarze w Trokach i w Haliczu. thumb|Troki – widok karaimskiego brzeguZob.: M.Masłowski: „Stanisław Masłowski – Materiały do życiorysu i twórczości”, Wrocław 1957, „Ossolineum”, s. 140 (przypis.61)., akwarela Stanisława Masłowskiego z 1904 roku (Muzeum Narodowe w Warszawie)

Czasy porozbiorowe Po rozbiorach Rzeczypospolitej karaimskie gminy wyznaniowe w Haliczu i Kukizowie znalazły się w granicach Austrii, natomiast wszystkie pozostałe – w Imperium Rosyjskim. Spis powszechny z 1897 wykazał, że w Imperium Rosyjskim żyło 12 894 Karaimów, w tym 1383 na Litwie i 6166 na Krymie. Ze względu na to, że do Rosji został wcielony w XVIII wieku również Chanat Krymski prawie wszystkie karaimskie gminy znalazły się w jednym państwie, co ożywiało kontakty między nimi.