Należał do „Eleusis”, „Zarzewia”, „Sokoła”.

W listopadzie 1909 jako elew Polskiego Związku Wojskowego, później przekształconego w Armię Polską za dwukrotne spóźnienie na zajęcia otrzymał jako karę polecenie przetłumaczenia podręcznika twórcy skautingu Roberta Baden-PowellaAlojzy Zielecki, Rozwój ruchu niepodległościowego, W epoce autonomii galicyjskiej, [w:] Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 475. pt. „Scouting for Boys” („Skauting dla chłopców”). Po zapoznaniu się z jego treścią Małkowski stał się entuzjastą i propagatorem skautingu na ziemiach polskich. Wówczas zlecono mu organizowanie młodzieży gimnazjalnej w Oddziałach Ćwiczebnych, później przekształconych w Drużyny Skautowe.

W czasie pierwszego kursu skautowego w okresie od 20 marca do 21 maja 1911 omawiał poszczególne rozdziały przygotowywanego przez siebie podręcznika. W okresie od kwietnia do lipca 1911 ukazywała się arkuszami jego praca „Scouting jako system wychowania młodzieży” – pierwsza polska książka o skautingu. Małkowski wszedł w skład pierwszej Komendy Skautowej, następnie Naczelnej Komendy Skautowej we Lwowie. W październiku 1911 rozpoczął wydawanie „Skauta”, który wkrótce zdobył niezwykłą poczytność. Małkowski traktował skauting jako nowy styl życia i metodę odrodzenia młodzieży.