W marcu 1912 wyjechał do Londynu w celu zebrania materiału do nowego wydania swej książki. Po powrocie został odsunięty od pracy w „Skaucie” i Naczelnej Komendzie Skautowej. W 1913 zorganizował wycieczkę skautową na III Wszechbrytyjski Zlot Skautów w Birmingham w Anglii. Za zasługi Małkowski otrzymał od Roberta Baden Powella skautowy medal „Za zasługi”. alt=|mały|200x200px|Tablica poświęcona Oldze i Andrzejowi Małkowskim w katedrze łacińskiej we Lwowie W czerwcu 1913 przeniósł się do Zakopanego, gdzie wziął ślub z Olgą DrahonowskąAkta stanu cywilnego Parafii Rzymskokatolickiej Najświętszej Rodziny w Zakopanem. Akt małżeństwa 20/1913. Rozwijał tam ożywioną działalność, tworząc silny, niezależny ośrodek harcerski. Wraz z wybuchem wojny wstąpił na krótko do Legionów Polskich. Brał udział w pierwszych walkach, lecz zależność tych formacji od zaborcy austriackiego spowodowała jego wystąpienie. W wyniku próby utworzenia niepodległej Rzeczypospolitej Podhalańskiej musiał opuścić Zakopane. Udał się do Anglii, a potem do Stanów Zjednoczonych, gdzie zakładał polskie drużyny skautowe wśród emigrantów. Od września 1915 do września 1916 pełnił funkcję skautmistrza związkowego w Związku Sokołów Polskich w Ameryce. Próbował zorganizować z „Sokołów” Legion Polski do walki z Niemcami.