Wobec braku poparcia ze strony władz związku przybył do Kanady, gdzie w grudniu 1916 r. wstąpił do wojska. W styczniu 1917 roku wraz z grupą „Sokołów” został przyjęty do Wojskowej Szkoły Piechoty, którą ukończył w kwietniu tego samego roku. Następnie służył w armii kanadyjskiej, walczył na froncie we Francji. W listopadzie 1918 został przeniesiony do armii gen. Józefa Hallera. Wysłany w misji wojskowej do polskich oddziałów w Odessie pod dowództwem generała Lucjana Żeligowskiego. Francuski, 4300-tonowy statek "Chaouia", na którym druh Małkowski płynął na Morze Czarne, zatonął na minie nocą z 15 na 16 stycznia 1919 w Cieśninie Mesyńskiej, na pozycji 38° 18'N, 15° 41'E, płynąc z Marsylii do Batumi; katastrofa pociągnęła za sobą 476 ofiar. Minę postawił 3 października 1918 roku niemiecki okręt podwodny SM UC-53 (d-ca Erich Gerth).
Po tragicznej śmierci Małkowskiego jego żona Olga Drahonowska-Małkowska nadal propagowała ideę skautingu w Wielkiej Brytanii i w Polsce.