Jego interwencja w sprawie zmiany nazwy ul. Józefa Piłsudskiego na ul. Partyzantów mogła być, zdaniem niektórych, bezpośrednią przyczyną jego zabójstwa. Według świadków zginął we własnym mieszkaniu, w sobotę, 10 marca 1945, o godzinie 21.15, od strzału w głowę. Dwaj mężczyźni, którzy wtargnęli do mieszkania kapłana postrzelili również jego gospodynię. Jednego z domniemanych sprawców złapano i osądzono (za postrzelenie gospodyni, nie za zabicie księdza). Według niektórych za śmierć ks. Stanisława Zielińskiego odpowiadają funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa (UB).
Bractwo Księdza Stanisława ZielińskiegoNa podstawie artykułu "Księża niezłomni" oraz strony www Kościoła Rektoralnego św. Ducha w Kraśniku Przez wiele lat o postaci ks. Stanisława Zielińskiego nie można było głośno mówić. Na wiele sposobów próbowano też szkalować pamięć o nim.
W 2000, z inicjatywy mieszkańców i ks. rektora Andrzeja Majchrzaka zostało powołane Bractwo Księdza Stanisława Zielińskiego. Statut Bractwa został zatwierdzony przez metropolitę lubelskiego ks. abp. Józefa Życińskiego, który nadał stowarzyszeniu osobowość prawno-kościelną. Obecnie Bractwo liczy ok. 100 członków.