Został przewieziony do więzienia w Smoleńsku, od 6 maja do grudnia 1940 przebywał w więzieniu NKWD na Łubiance, a następnie w więzieniu butyrskim w Moskwie. W lutym 1941 został skazany przez "kolegium NKWD" na 8 lat łagru za szpiegostwo na rzecz Polski i Niemiec. Został skierowany do zespołu ust-wymskich łagrów w Republice Komi (tzw. Ustwymłag). W sierpniu 1941, w ramach tzw. „amnestii” w wyniku układu Sikorski-Majski, zwolniono go z obozu, ale wkrótce potem ponownie został uwięziony (władze sowieckie miały świadomość znaczenia Swianiewicza jako świadka zbrodni katyńskiej). Zwolniono go ostatecznie 20 kwietnia 1942, po zabiegach dyplomatycznych Stanisława Kota, Wacława Komarnickiego i Kajetana Morawskiego u ambasadora ZSRR przy Rządzie RP na uchodźstwie Aleksandra Bogomołowa.