Na prośbę biskupa Grenady Gaspara de Ávalos de la Cuevy prowadził ewangelizację w Sewilli, Baezie, Montilli, Zafrze, Fregenal de la Sierra i Friego.
Ponieważ szczególnie na sercu leżało mu praca misyjna wśród ludzi ubogich i niewykształconych, planował założenie zgromadzenia zakonnego posługującego na wsiach. Zrezygnował z tych planów, kiedy Ignacy Loyola założył zakon jezuitów. W 1537 roku spotkał Jana Bożego, który pod wpływem kazania Jana z Ávili, nawrócił się i sam został zakonnikiem. Dwa lata później apostoł Andaluzji uczestniczył w pogrzebie królowej Izabelli Portugalskiej, żony Karola V. W nabożeństwach uczestniczył także Franciszek Borgiasz, który słuchając kazań księdza Jana, sam postanowił zostać duchownym.
Oprócz działalności kaznodziejskiej, Jan zajmował się także kształceniem księży. W 1538 roku założył Uniwersytet w Baezie, dwa kolegia większe w Kordobie i Jerez de la Frontera oraz jedenaście mniejszych kolegiów. Został pierwszym rektorem uniwersytetu, gdzie działały wydziały: artium, teologii i medycyny. Uczniami Jana byli między innymi: Ludwik z Grenady, Diego Pérez de Valdivia, Bernardino de Carleval, Diego Guzman i Juan Ramirez. Po trzydziestu latach wędrownego kaznodziejstwa, w 1554 roku, osiadł w Montilli, gdzie zajął się pisaniem listów i traktatów.