Zredagował także dwa memoriały na potrzeby obrad soboru trydenckiego. Jan dwukrotnie otrzymał propozycję objęcia diecezji (raz w Segowii, a raz w Grenadzie), jednak obie odrzucił. Paweł III proponował mu także kapelusz kardynalski, lecz Jan odmówił jego przyjęcia. Ignacy Loyola nakłaniał go by wstąpił do jezuitów, ale apostoł Andaluzji twierdził, że to nie jest jego powołanie. Jan zmarł 10 maja 1569 roku w Montilli.
Kult Kult Jana z Ávili został zaaprobowany przez papieża Klemensa XIII. Został ogłoszony Sługą Bożym w dniu 8 lutego 1759, błogosławionym 4 kwietnia 1894 przez Leona XIII, a kanonizowany został 31 maja 1970 przez Pawła VI.
Konferencja Episkopatu Hiszpanii ogłosiła św. Jana z Avilii patronem kapłanów diecezjalnych.
Kościół katolicki obchodzi wspomnienie liturgiczne w dzienną rocznicę śmierci (10 maja).
7 października 2012 r. podczas mszy na Placu św. Piotra na Watykanie papież Benedykt XVI ogłosił św. Jana z Ávili wraz z św. Hildegardą z Bingen doktorami Kościoła. Zapowiedź tego wydarzenia miała miejsce podczas obchodów Światowych Dni Młodzieży w Madrycie.