Okres wojny Po utworzeniu Niepodległego Państwa Chorwackiego 10 kwietnia, powrócił do Chorwacji, zostając przedstawicielem ustaszy na Bośnię i Hercegowinę. Powołał władze chorwackie w Sarajewie i sformował pierwsze oddziały wojskowe do walki z rebeliantami we wschodniej Bośni. Awansował do stopnia kapitana w Batalionie Ochrony Poglavnika. We wrześniu utworzył Grupę Bojową „Francetić”, zwaną też Czarnym Legionem, stając na jej czele. W listopadzie awansował do stopnia majora. Na przełomie 1941/1942 r. walczył w rejonie Sarajewa, Ozrenu, Romaniji, Pijesaku.
Zimą 1941/42, Czarny Legion dokonał szeregu masakr w których zabito tysiące bezbronnych bośniackich Serbów a ich ciała wrzucono do rzeki Drina. Francetić odpowiedzialny jest za śmierć 3000 cywili zabitych w czystkach etnicznych.
thumb|Podpułkownik Jure Francetić wygłasza przemówienie do serbskich uchodźców w pobliżu rzeki Driny podczas operacji Trio 6 marca 1942 r. dostał awans na podpułkownika. Pod koniec marca obszar działań Czarnego Legionu przeniósł się nad rzekę Drina. 24 kwietnia J. Francetić został odznaczony Orderem Wojskowym Żelaznej Koniczyny 3 klasy.