Pod koniec maja Czarny Legion walczył w okolicy miejscowości Makarska-Vrgorać i jego dowództwo zamierzało skierować się w stronę Mostaru, ale pod wpływem presji Włochów powrócono do Sarajewa. 24 czerwca awansował do stopnia pułkownika. W czasie walk dokonał masakry 890 Serbów i Żydów a jego oddziały dokonały szeregu gwałtów na miejscowych kobietach i dziewczynkach.
thumb|Jure Francetić w czasie narady z niemieckimi oficerami, lipiec 1942 W lipcu na czele części Legionu działał w rejonie miejscowości Kozara i Bugojno, gdzie zmusił do wycofania się partyzanckie brygady. Następnie uczestniczył w operacjach w okolicach Livno i Tomislavgradu. 25 sierpnia został głównodowodzącym wszystkich brygad ustaszy. Pod koniec września towarzyszył poglavnikowi Ante Paveliciowi w inspekcji chorwackiego 369 Pułku Piechoty na froncie wschodnim, a dzień wcześniej spotkaniu z Adolfem Hitlerem w Winnicy na Ukrainie. Następnie ponownie dowodził siłami ustaszy w walce z komunistyczną partyzantką. W październiku jego oddziały atakowały Livno, a w listopadzie działały w rejonie Kalnika.