Osobiście aresztował i przesłuchiwał przywódców żydowskich i serbskich tj. Miskin czy Albahari i nakazał zamordować wielu z nichUtopias of Nation: Local Mass Killing in Bosnia and Herzegovina, 1941–42, op cit (s. 133).. Utworzył własne więzienie w prywatnym mieszkaniu w Sarajewie.
22 grudnia J. Francetić leciał samolotem do miejscowości Gospić, aby przejąć dowodzenie sektora operacyjnego w regionie Lika, kiedy maszyna musiała awaryjnie lądować koło wsi Močile w okolicy Slunja, który to obszar był kontrolowany przez partyzantów. W walce z nimi J. Francetić został ciężko ranny w głowę. Kiedy partyzanci zorientowali się, kto im wpadł w ręce, przetransportowali go do monastyru w Slunju i próbowali uratować, aby osądzić za zbrodnie wojenne. Jednakże dowódca ustaszy nie przeżył. Zmarł w szpitalu w Slunju 27 lub 28 grudnia; nie wiadomo, gdzie został pochowany. Dwa dni później władze NDH ogłosiły, że zaginął, a 30 marca 1943 oficjalnie potwierdziły jego śmierć. Pośmiertnie 27 marca został odznaczony wysokim odznaczeniem wojskowym z prawem do tytułu vitez (rycerz), a 8 kwietnia awansowano go do stopnia generała ustaszy. W celu upamiętnienia jego osoby 31 marca 7 Pułk Piechoty ustaszy nazwano jego imieniem.