W pierwszej połowie lat 70. klub zdobył mistrzostwo Hondurasu dwukrotnie – w sezonie 1970/71 i 1973/74. Motagua stała się jednym z najsilniejszych klubów w kraju. W sezonie 1972/73 Motagua była pewna zwycięstwa, jednak po 9 kolejkach rozgrywki ligowe zakończono z powodu prolemów finansowych. Pomimo że klub Motagua zdecydowanie prowadził w tabeli (6 zwycięstw, 3 remisy i żadnej porażki), mistrzostwa w tym sezonie nikomu nie przyznano.
Po czwarty tytuł klub Motagua sięgnął w sezonie 1978/79. Reprezentacja Hondurasu, która zakwalifikowała się do finałów mistrzostw świata w 1982 roku w większości składała się z piłkarzy klubów Motagua i Real España.
Po 13 słabszych latach kolejny tytuł mistrza kraju klub zdobył w sezonie 1991/92. Jednak lata 90. to przede wszystkim świetna postawa klubu w zarzuconym dziś pucharze Hondurasu, w którym Motagua aż czterokrotnie (1993/1994, 1995/1996, 1997/1998 i 1998/1999) dotarła do finału.