Sezon 1997/98 na skutek wprowadzonych regorm podzielony był na dwa turnieje – Apertura i Clausura. Odtąd w ciągu jednego sezonu Honduras miał dwóch mistrzów. Motagua w sezonie 1997/98 wygrała zarówno turniej Clausura, jak i turniej Apertura, stając się pierwszym w historii Hondurasu podwójnym mistrzem kraju. Drugi raz identycznego wyczynu klub dokonał w sezonie 1999/2000. W styczniu 1999 roku Motagua po pokonaniu Platense Puerto Cortés zdobyła superpuchar Hondurasu.
Reprezentacja Hondurasu do lat 23, która wywalczyła awans do Igrzysk Olimpijskich w roku 2000, oparta była w znacznej części na piłkarzach klubu Motagua.
Ostatni tytuł mistrza Hondurasu Motagua zdobyła 17 grudnia 2006 roku (Apertura 2006/2007) pokonując w finale klub Olimpia Tegucigalpa (który poprzednio zdobył mistrzostwo Hondurasu trzy razy z rzędu).