W powojennym mieście Florian Piotrowski był pierwszym polskim lekarzem.
Prace nad stworzeniem w Olsztynie Szpitala Kolejowego przyspieszył wybuch epidemii duru. Placówkę otwarto na przełomie marca i kwietnia 1945 w barakach przy późniejszej ulicy Wyspiańskiego. Piotrowski zorganizował też lecznictwo otwarte, pierwsze ambulatorium otwierając we własnym mieszkaniu (potem zostało przeniesione na plac Bema). Z przychodni korzystali nie tylko kolejarze, ale także przybywający do Olsztyna cywile oraz żołnierze radzieccy. Piotrowski odbywał ponadto liczne wizyty domowe, mimo trudnych warunków transportowych; dopiero po kilku miesiącach pracy w Olsztynie został wyposażony w rower, ale wobec zagrożenia kradzieżą potrzebował wówczas towarzyszącej osoby, która pilnowała pojazdu w czasie udzielania pomocy lekarskiej.
W pierwszych latach powojennych Piotrowski pracował także w Przychodni Ubezpieczalni Społecznej (przy późniejszej ulicy Partyzantów w Olsztynie) oraz na Oddziale Chirurgicznym Szpitala Wojewódzkiego (od września 1945 do października 1950). Przeprowadzona w tym szpitalu 22 stycznia 1946 amputacja lewej stopy u jednego z pacjentów była pierwszą operacją w Olsztynie po wojnie i uważana jest za symboliczny początek polskiej chirurgii w mieście.