W 1940 przeszedł do Związku Walki Zbrojnej przymując pseudonim „Paprzyca”. Stanął na czele kierownictwa walki czynnej w sztabie komendy obszaru Kraków-Śląsk ZWZ i był zastępcą komendanta obszaru Tadeusza Komorowskiego. Po przeniesieniu do Warszawy od połowy 1941 został szefem Oddziału V-O (dowodzenie i łączność) w sztabie komendy ZWZ-AK i zastępcą szefa sztabu Komendy Głównej ZWZ-AK do spraw technicznych. W tym okresie działał pod pseudonimem „Kuczaba”. Jako szef Oddziału V-O odegrał kluczową rolę w tworzeniu i rozbudowywaniu łączności technicznej oraz odbioru zrzutów ludzi, sprzętu, poczty i pieniędzy.
Wziął udział w powstaniu warszawskim. Dowodził ewakuacją KG AK z Woli na Stare Miasto. 4 września 1944 został ciężko ranny podczas bombardowania gmachu PKO przy ul. Jasnej. Do końca powstania leczył się w szpitalu przy ul. Lwowskiej. Opuścił stolicę wraz z ludnością cywilną z zamiarem kontynuowania działalności konspiracyjnej. Dostał się do obozu przejściowego w Pruszkowie, następnie do obozu w Braunschweig na terenie Rzeszy. Później skierowany został na roboty przymusowe do Wendeffen, niedaleko Wolfenbüttel. W grudniu 1944 został zwolniony ze względu na zły stan zdrowia.