W tej roli Cota pomagał nadzorować szkolenie w zakresie operacji desantowych.
Operacja Overlord Jako główny doradca w operacji Overlord został mianowany zastępcą dowódcy 29 Dywizji Piechoty, która została wyznaczona do lądowania na plaży Omaha w pierwszym rzucie. 29 Dywizja, formacja Gwardii Narodowej nazywana „Niebiesko-Szarą”, była dowodzona przez jego kolegę z West Point, generała majora Charlesa H. Gerhardta. Podczas planowania operacji Cota sprzeciwiał się lądowaniu w świetle dnia, wierząc, że atak przed świtem będzie miał większe szanse powodzenia. Rok przed inwazją, na konferencji na temat ataków desantowych, Cota argumentował za dążeniem do taktycznego zaskoczenia:
Cota nie był osamotniony w swoim sprzeciwie. Generał dywizji Leonard T. Gerow, dowódca V Korpusu i admirał John L. Hall Jr., dowódca Sił Amfibijnych „O” (formacji morskiej odpowiedzialnej za dostarczenie 1 Dywizji Piechoty na plażę) walczyli o zmianę planu operacji Overlord, prosząc o atak nocny.