Zajmowała ona około 1/3 powierzchni obecnego gmachu.
W 1249 roku, podczas walk między Bolesławem Rogatką a Henrykiem III, miasto ponownie spłonęło. Po tym wydarzeniu, około połowy XIII wieku zrujnowany kościół został przebudowany i powstała druga romańska murowana świątynia. Przetrwała ona niemal 150 lat, mimo poważnych zniszczeń dokonanych w 1285 roku przez wojska Henryka IV Probusa.
Pod koniec XIV wieku świątynia była już w katastrofalnym stanie, groziła zawaleniem i jej wschodnia część została rozebrana.
Obecny kościół powstawał w dwóch etapach. Pierwszy przypada na okres przed 1392 rokiem i obejmuje budowę prezbiterium z ambitem z fundacji biskupa Wacława Piasta. Zamiarem hierarchy było wzniesienie reprezentacyjnego kościoła dla księstwa nyskiego. Miałby on równocześnie pełnić funkcję świątyni pielgrzymkowej i być przeznaczony dla pątników podążających krzyżującymi się w Nysie głównymi polskimi szlakami pielgrzymimi – z Gniezna przez Bramę Morawską do Rzymu oraz z Krakowa na zachód Europy.