W ciągu kilku lat wzniesiono budynek sześcioprzęsłowy, lecz spłonął on w 1401 roku podczas pożaru, który opanował większość miasta. Odbudowano go prowizorycznie pięć lat później. Kościół wraz ze swoim wypalonym wnętrzem trwał do 1424 roku i stopniowo zmieniał się w całkowitą ruinę. Brak środków na odbudowę spowodowany został załamaniem gospodarki miasta, jakie nastąpiło w wyniku tragicznej epidemii z roku 1413. W tej sytuacji biskup Wacław ogłosił siedmioletni odpust dla osób, które wspomogą materialnie odbudowę świątyni, a gdy to nie przyniosło spodziewanych efektów, w 1416 roku ustanowił specjalny podatek na ten cel. Mimo tych zabiegów nie zdołał jednak zebrać wystarczających funduszy.
Drugi etap budowy przypada na lata 1424-1430 i związany jest z planem wzniesienia reprezentacyjnego kościoła mieszczańskiego, jaki mieli rajcy nyscy. Zdecydowali się oni na finansowanie dalszej odbudowy i rozbudowy świątyni biskupiej. Do kierowania pracami Rada Miejska Nysy zaangażowała słynnego architekta Piotra Frankensteina (Piotra z Ząbkowic). Korzystając częściowo z fundamentów dwu romańskich poprzedniczek oraz z istniejącej zrujnowanej budowli biskupa Wacława, rozpoczął on budowę obecnej, gotyckiej bazyliki na wzór katedry gnieźnieńskiej.