Wskazują na to prawie identyczne poziome przekroje świątyń w Nysie i w Gnieźnie.
W swoich dalszych, burzliwych dziejach kościół doświadczył licznych pożarów, zniszczeń i był poddawany wielokrotnej modernizacji, nie zawsze dla niego korzystnej. Jednak charakterystyczna sylwetka budowli pozostała niezmieniona do dziś.
Podczas kolejnego wielkiego pożaru Nysy 20 maja 1542 roku zniszczeniu uległo sklepienie sieciowe nawy głównej – odbudowano je jako gwiaździsto-sieciowe. Przed 1551 rokiem wykonano nową więźbę dachową i jej pokrycie łupkowe, a w 1553 r. – drewnianą nadbudowę szczytu fasady. W latach pięćdziesiątych XVI wieku z fundacji biskupa Marcina Gerstmana przebudowano i wydłużono chór organowy, tworząc tzw. chór mieszczański.
Około 1619 roku prawo własności kościoła św. Jakuba stanęło pod znakiem zapytania z uwagi na roszczenia wysuwane przez protestantów, których liczba w tamtym okresie stała się niezwykle duża. W celu rozstrzygnięcia sporu zorganizowano spis ludności parafii, który wykazał przewagę liczebną katolików nad protestantami wynoszącą 3 osoby. Kościół pozostał więc świątynią katolicką.